Mai, quinze ans, accompagne son petit frère Takumi sur le ferry qui les conduit à leur nouvelle école, la prestigieuse académie Fuuka. Ils sont tous les deux titulaires d'une bourse qui leur permettra de poursuivre leurs études là bas. Sur le navire, ils font connaissance d'autres élèves : Yûichi Tate, du même âge que Mai, est suivi comme son ombre par Shiho, une amie d'enfance encore au collège, qui ne cesse de l'appeler Onee San (grand frère) devant tout le monde.
Au cours de la traversée, les membres de l'équipage aperçoivent une jeune fille en train de se noyer et la repêchent évanouie. Mai met en pratique ses cours de secourisme pour ramener à la vie l'infortunée, Mikoto, qui est conduite aussitôt après à l'infirmerie. Le soir, une autre mystérieuse jeune fille, Natsuki, s'introduit sur le navire et met tout sens dessus dessous pour retrouver Mikoto. Les deux jeunes filles utilisent des pouvoirs surnaturels : Natsuki matérialise un chien mécanique qui tire des projectiles tandis que Mikoto manie un sabre qui tranche tout sur son passage, notamment la coque du bateau, qui sombre. Bien malgré elle, Mai se retrouve au milieu de leur combat. Elle cherche cependant à les arrêter et, mise en danger de mort, elle se protège inconsciemment à l'aide d'une sorte de champ protecteur. Elle découvre ainsi qu'elle possède également un pouvoir.
Mai est en fait une HIME (Highly-advanced Materializing Equipment), terme qui désigne des personnes possédant un pouvoir de matérialisation. La jeune héroïne apprend rapidement qu'elle n'a pas eu sa bourse d'étude par hasard et que l'académie attire ainsi beaucoup d'élèves qui sont aussi des HIME. Cependant, Mai ignore pourquoi
